跑步时右脚大拇指根部疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和相应的解析：

1. 急性损伤：在运动过程中，由于外力撞击或挤压，可能导致局部软组织损伤或骨折，从而引发疼痛。

2. 慢性劳损：长期站立、行走或穿着不合适的鞋子可能导致局部慢性劳损，长期挤压局部会引起炎症反应和疼痛。

3. 第一跖趾关节炎：炎症的存在会导致疼痛症状，如拇趾外翻。

4. 痛风性关节炎：痛风性关节炎的第一部分是第一跖趾关节，通常会出现局部发红、肿胀、发热和疼痛，患者的血尿酸通常会升高。

5. 软组织损伤：拇指根部的关节囊肌肉有软组织损伤，拇指后跟疼痛，即过度疲劳导致软组织炎症和疼痛。

6. 狭窄性腱鞘炎：拇指根的疼痛主要见于前屈肌腱，表现为狭窄性腱鞘炎，腱鞘过度劳累，水肿及肥大。当拇指腱鞘穿过拇指根部时，在活动过程中会被卡住，拇指会被局部包裹，导致压痛。同时，伴随着拇指的有限运动，弯曲时很难伸直，疼痛伴随着活动受限。

7. 骨关节病：拇指根部的疼痛可能是拇指根部掌指关节的骨关节病，因为拇指通常使用较多，较多人使用时间太长太多，这会导致拇指根部的软骨磨损。软骨磨损不平滑，随后是关节周围增生、骨关节病和拇指根部疼痛。

8. 半脱位和脱位：一些人可能会因过度劳累导致拇指根关节半脱位和脱位，这也会导致严重的拇指根骨关节病。

9. 其他疾病：拇指根部可能有类风湿关节炎、痛风性关节炎、色素沉着绒毛结节性滑膜炎等，这也可能导致拇指根部疼痛。