小儿慢性淋巴细胞性甲状腺炎（CLT）是一种常见的自身免疫性甲状腺疾病，其病因尚不完全清楚。但研究表明，CLT的发病与多种因素有关。

首先，遗传因素在CLT的发病中起着重要作用。研究发现，CLT患者中存在家族聚集现象，常在同一家族的几代人中发生，并常合并其他自身免疫性疾病，如恶性贫血、糖尿病、肾上腺功能不全等。此外，不同地区的CLT发病基因也有所不同，如欧洲及北美患者中HLA-B8及DR3、DR5多见，而日本人则以HLA-B35多见。

其次，免疫因素在CLT的发病中也起着重要作用。研究表明，CLT患者存在多种自身免疫抗体，如甲状腺球蛋白抗体（TgAb）、甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）等，这些抗体可以攻击甲状腺细胞，导致甲状腺功能减退。此外，CLT患者还存在细胞免疫异常，如T细胞功能亢进、细胞毒性T细胞增多等。

环境因素也是CLT发病的重要因素之一。研究发现，在碘缺乏地区或富含碘的地区，CLT的发病率均上升，说明碘在CLT发病中有重要作用。此外，感染、膳食中的碘化物等因素也可能与CLT的发病有关。

细胞凋亡在CLT的发病中也起着重要作用。研究发现，CLT患者的甲状腺细胞凋亡程度较正常人为高，这可能是CLT患者甲状腺功能减退的原因之一。

胎儿微嵌合现象也与CLT的发病有关。胎儿微嵌合现象是指胎儿的原始细胞移位到母体的组织中，现认为可能与自身免疫性疾病有关。研究发现，CLT患者中存在胎儿微嵌合现象的比例较高。

甲状腺肿瘤也可能与CLT的发病有关。研究发现，CLT患者中存在甲状腺肿瘤的风险较高，如甲状腺乳头状癌、甲状腺滤泡状癌等。