婴儿预防牛奶蛋白过敏最佳方法是生后尽早纯母乳喂养。母乳喂养可降低婴儿食物蛋白过敏风险。母乳中蛋白质为同种蛋白质，对婴儿免疫系统无刺激，母乳中丰富的低聚糖、分泌性IgA、细胞因子、益生菌等均有助于降低婴儿食物过敏风险。但乳汁中存在少量来自哺乳母亲的食物特异性抗原，如卵清蛋白（鸡蛋白主要成分）、酪蛋白及乳清蛋白（牛奶蛋白主要成分）、麦醇溶蛋白（小麦麸质主要成分）等，可以通过乳汁导致婴儿发生食物蛋白过敏。

回避过敏原是减少过敏性疾病最有效的方法，因此，婴儿出生后，尽早吸吮母亲乳头刺激母乳分泌，早期纯母乳喂养，鼓励纯母乳喂养至婴儿6月龄，随后在继续母乳喂养的基础上添加辅食。过敏有遗传倾向性，如父母双方均是过敏性体质，母亲哺乳期间，要注意回避大豆、牛奶、鸡蛋、海鲜及坚果等高蛋白物质，食用过敏性小的动物蛋白补充蛋白质，如鸡鸭鹅禽类及猪肉。而配方奶喂养的婴儿，高度怀疑牛奶蛋白过敏时，应先回避牛奶蛋白，即立即开始更换特殊配方粉，如深度水解配方和游离氨基酸配方。鉴于深度水解配方粉也可能因为有少许残存的变应原片段而引起过敏反应，严重牛奶蛋白过敏时首选氨基酸配方粉喂养。在婴儿过敏症状缓解后，由氨基酸配方奶逐渐过渡到深度水解配方奶，再过渡到适度水解配方，最后转为普通配方奶，使机体逐步食物耐受，直至完全脱敏。