引起阴茎珍珠状丘疹的病因及发病率尚未明了。有学者认为本病症属于一种生理发育的异常。也有学者认为与包皮过长有关，调查发现男性青年中包皮过长者阴茎珍珠状丘疹的发病率明显高于包皮正常者。

还有学者认为该病症可能与HPV感染有关，但Ferenczy等和张开金等检测了病变组织中HPV，结果无HPV。观察认为患者包皮过长、局部卫生状况差、冠状沟分泌物及污垢的长期刺激或其他因素如感染等引起的局部红肿等炎性反应可能是造成本病症的直接原因。