婴幼儿反复发热 39℃，一般情况下是由病毒或者细菌感染引起的，感染部位包括呼吸、泌尿、消化、中枢神经、心血管系统感染、皮肤粘膜及血流感染。

导致发热的具体原因及治疗包括：

• 上呼吸道感染 - 如果单纯高热，四肢酸痛，流涕等，需要甲流、乙流检查；如果是流感，可尽早使用奥司他韦。
• 下呼吸道感染 - 如果发热、咳嗽，病情有加重趋势，需要需要结合情况，进行呼吸道病原学检测，包括肺炎支原体、如果高热不退、呼吸增快、咳嗽频繁，呼吸音异常，需要拍胸片了解肺部情况。
• 胃肠道感染 - 如果有发热、呕吐或腹泻，注意肠道病毒检查，比如轮状病毒，诺如病毒等检查。如果大便粘液血丝，需要化验大便常规加肠道细菌培养。
• 尿道感染 - 如果血常规白细胞和超敏 C 反应蛋白高，需要注意小便化验，警惕尿道感染。如果小便正常，需要及时抽血培养，警惕败血症。

目前孩子反复发热 39℃，这个时候建议不要私自用药了，最好是及时就医，做详细检查之后，按照儿科医生的指导进一步来治疗。