翻瓣术与闭合刮治术（即在不翻瓣的情况下对龈下牙石进行刮治、根面平整等治疗）这两种不同治疗方案的选择，除了要考虑翻瓣术的适应证和禁忌症等因素外，还应把不同牙位的不同探诊深度作为选择判断的一项依据。

临床研究表明，对于切牙、前磨牙，当经过牙周洁治后尚有大于 6~7mm 的深袋时，采用牙周翻瓣术效果优于闭合刮治术，而对于磨牙，当经过牙周洁治后尚有大于 4.5mm 的牙周袋时，翻瓣术的效果就已经优于闭合刮治术了。这主要是因为磨牙通常有多个牙根，当牙周病变累及根分叉区之后，即使探诊深度并不深，也很难通过闭合刮治术等牙周基础治疗完成对病变的彻底清除，因此选择翻瓣术的袋深标准应较切牙和前磨牙为低。

对于某些导致牙槽骨吸收的牙周炎，牙周翻瓣术还可以在一定程度上引起骨再生，填补骨缺损，从而使牙周炎病情好转。由于手术切除了牙周袋壁，或龈瓣被根向复位，术后牙龈组织的炎症水肿消退，这些均可导致龈缘位置向根方移位，牙根面暴露，造成牙龈退缩。随着时间的延长，这种差异会逐渐减小，牙龈边缘也渐向牙冠方向移位。