肛瘘的治疗由传统的创伤较大的切除性手术逐渐向微创化发展，出现了许多新材料和新技术。

新材料如纤维蛋白胶，肛瘘栓因费用昂贵，治愈率不高，尚处于探索阶段。

新仪器设备如激光瘘管闭合术适应症窄，视频辅助下肛瘘治疗术也是需要严格的适应症，限制了临床广泛使用。

干细胞治疗同样存在费用高昂，治愈率低，安全性需进一步证实等缺点。

故而保留括约肌的手术方式显得更加重要。不切断括约肌或最大限度减少括约肌切断如粘膜瓣推移术；括约肌间瘘管结扎术；解剖学切除术；虚挂线法等等，均有使用，达到保留肛门功能，一期愈合的目的。