当药物无法控制儿童癫痫发作时，手术治疗可能是一个有效的选择。特别是对于那些每天发作频率高达10~100次的幼儿，很快就会用尽所有能控制严重儿童癫痫的药物。在评估顽固性癫痫时，需要考虑患者对药物不良反应的耐受性，如果治疗药物浓度已给患者带来严重的不良反应，那么手术治疗就应该被纳入考虑范围内。

值得注意的是，手术治疗癫痫没有最小年龄限制。一些发达国家甚至强调早期手术治疗，特别是对于婴幼儿难治性癫痫，药物治疗1~2个月无效时就可以考虑手术治疗。然而，癫痫手术也存在禁忌证，例如具有自行缓解趋势的良性癫痫综合征、变性和代谢性疾病或其他内科疾病所致癫痫、原发性全身性癫痫、不影响生活的轻微癫痫发作、伴有活动性精神病或进行性神经疾病（如恶性肿瘤、多发性硬化、脑血管炎）及严重的内科疾病等都是绝对手术禁忌证，智商低于70也属于相对禁忌证（胼胝体切开术除外）。

如果选择手术治疗，必须满足以下基本原则：首先，患者必须是药物难治性癫痫；其次，必须存在明确的致痫灶；再者，手术不能引起严重功能障碍；对于存在脑结构性病变的患者，无须满足难治性癫痫的标准，应尽早手术；最后，对于年幼患儿，原则上应该早期手术，以尽早阻断癫痫发作对大脑发育和功能的负面影响。