原发性小肠溃疡是一种常见的消化系统疾病，其诊断和鉴别诊断至关重要。以下是一些常见的鉴别诊断方法：

1. **细菌性痢疾**：与原发性小肠溃疡的症状相似，但粪便镜检可发现大量脓细胞、红细胞和吞噬细胞，且婴幼儿中毒型菌痢或非典型菌痢应以病原学诊断来鉴别。

2. **霍乱**：由霍乱弧菌引起，腹泻剧烈，呕吐后呕吐物及腹泻大便呈米泔水样，脱水重者常引起肌肉痛性痉挛，皮肤皱瘪，镜检可发现运动极活泼的弧菌，应进一步作细菌培养鉴别。

3. **副溶血弧菌性食物中毒**：由副溶血性弧菌引起，主要因进食被该细菌污染的食物（多与海产品有关），起病急骤，腹泻多呈水样便或血水样便，应进行细菌培养鉴别。

4. **沙门菌食物中毒**：进食被鼠伤寒沙门菌污染食物引起，起病急，常伴有寒热、腹痛、气胀、恶心、呕吐、腹泻，呈水样便并有恶臭，早期出现菌血症，多有同餐者集体发病，依靠病原学、血清学诊断鉴别。

5. **病毒性腹泻**：由肠道病毒感染引起，其特点是高度传染性，轮状病毒、小圆病毒等感染早期有呕吐，相继腹泻，多呈水样便并有黏液，抗生素治疗一般无效，病程多在5～7天自愈，用血清学及病毒分离进一步鉴别。

6. **空肠弯曲菌性肠炎**：空肠弯曲菌引起轻症与病毒性肠炎相似，重症与溃疡性结肠炎或克罗恩病相似，暗视野镜检可发现射箭样活泼动力的弯曲菌，细菌培养进一步诊断。

7. **耶尔森菌肠炎**：多见于儿童发病，与食物、水污染有关，腹痛、腹泻、低热、呈水样便，可有败血症，可并发结节性红斑、假性阑尾炎、关节炎，细菌培养可进一步鉴别。

8. **其他**：应注意与贾第鞭毛虫、阿米巴痢疾引起的腹泻鉴别，粪便镜检可发现阿米巴原虫或贾第鞭毛虫。