新生儿先天性胆道闭锁是一种常见的先天性胆道疾病，早期诊断和鉴别诊断对于后续治疗至关重要。

首先，需要与新生儿肝炎进行鉴别。虽然部分新生儿肝炎也可能出现胆道阻塞和黄疸，但新生儿肝炎的肝外胆管通常正常，且大部分可痊愈。此外，新生儿肝炎的黄疸程度较轻，粪便颜色也较胆道闭锁更为正常。

其次，需要与新生儿溶血症进行鉴别。新生儿溶血症的早期症状与胆道闭锁相似，但新生儿溶血症的婴儿皮肤呈金黄色，有显著贫血表现，肌张力松弛及神经系统症状。此外，新生儿溶血症的血象检查可见大量有核红细胞。

母乳性黄疸也是一种需要鉴别的疾病。母乳性黄疸的特点是在生后4-7天黄疸明显加重，2-3周黄疸渐减轻，维持低水平3-12周，停止哺乳2-4天后，高胆红素血症迅速消退。此外，母乳性黄疸临床上无肝脾肿大及灰白色粪便。

先天性胆总管扩张症也是一种需要鉴别的疾病。先天性胆总管扩张症可在新生儿时期出现黄疸，多为囊肿型，常以腹胀或上腹部包块而就诊。B型超声可见胆总管囊性扩张。

此外，还需要与胆总管下端淋巴结肿大压迫及上部肠道梗阻所致黄疸进行鉴别。这类病例胆管及胆囊皆有轻度扩张，可经B型超声证实。