DNA甲基化单倍型区域标志物在区分甲状腺滤泡状癌和滤泡性腺瘤中的应用

甲状腺滤泡状癌（FTC）是第二常见的甲状腺癌，需要与良性滤泡性腺瘤（FA）进行鉴别。然而，目前还缺乏有效的临床评价指标来评估恶性潜能未定的甲状腺腺瘤（TT-UMP）。为了探索可以区分FTC和FA的DNA甲基化标志物，研究者采用RRBS测序和DNA甲基化单倍型区域（MHB）分析，对FTC（n=33）和FA（n=34）样本的甲基化情况进行了评估。他们构建了一个预测模型，并在包含13个FTC样本和13个FA样本的独立队列中进行了验证。随后，使用该模型对36个TT-UMP样本进行了评估。

研究共发现70个在FTC和FA样本间存在显著差别的DNA甲基化标志物，其中一半位于启动子内。在标志物相关基因中所有富集的GO均与“DNA结合”有关，表明DNA结合失活可影响FTC的发展。在验证队列中，研究者使用这些标志物构建了一个随机森林模型以鉴别FTC与FA，其曲线下面积为0.994。当使用该模型对TT-UMP样本进行评估时，驱动基因突变较少的样本评分较低。因此，利用DNA甲基化标志物构建的FTC预测模型不仅可准确区分FTC与FA，还可用于TT-UMP恶性潜能的确定。

专家点评认为，准确区分甲状腺滤泡癌与甲状腺滤泡型腺瘤对于治疗方案的制定至关重要。虽然病理学能够通过被膜、血管侵犯等特征区分两者，但其诊断具有主观性，且对于TT-UMP恶性程度判别存在困难；此外FTC、FA的基因表达谱在GO富集与通路富集存在高度重叠也使得从基因表达特征区分两者存在困难。该研究从DNA甲基化入手，利用FTC与FA之间显著差异的甲基化标志物建立了随机森林预测模型，该模型敏感性、特异性均高于基因突变、mRNA表达等分子标志物，并且对TT-UMP的恶性程度评估具有一定价值。这为临床鉴别诊断提供了一种新的方法。