婴儿肠绞痛的发病机制尚不清楚，胃肠动力异常、肠道菌群失调、乳糖不耐受以及心理社会因素等都可能参与婴儿肠绞痛的发生，但均无确切的证据。此外，婴儿肠绞痛还可能与胃食管反流、食物过敏、肠激素失调、睡眠问题、烟草暴露以及自主神经系统的失调有关[5,6,7]。尚无研究报道婴儿肠绞痛的发生与性别相关。此外，婴儿肠绞痛的发生无明显的家族史，也与所在家庭的社会经济地位无关。

1．胃肠动力异常：

胃肠动力异常可能是婴儿肠绞痛的病因之一。婴儿发育中的肠道神经系统暂时性功能失调可能导致婴儿肠道运动增强，导致肠道痉挛，尤其是在生命最初几周[6]。胃肠道中含有多种参与肠道蠕动的调节激素，如血管活性肽、胃泌素、胃动素和胃饥饿素等。以往研究显示，在肠绞痛婴儿中这些激素可能存在异常，如促进胃排空，增加小肠蠕动和减少运输时间的胃动素浓度显著增加。

2．肠道菌群失调：

人体微生物与宿主之间相互作用，新生儿期肠道定植菌群与宿主细胞间存在双向沟通，并可塑造宿主的免疫系统和炎症反应[8]。研究表明，肠绞痛婴儿肠道菌群与健康婴儿肠道菌群不同[9]。Meta 分析表明，较高水平的变形菌和较低的菌群多样化与婴儿哭闹症状成正相关[10]；而放线菌科的双歧杆菌和厚壁菌门乳酸杆菌水平与婴儿哭闹和烦躁症状的次数成负相关[11,12]。肠道菌群失调或肠道内非共生菌在肠道内的定植如何引起婴儿肠绞痛症状的发生尚不清楚。此外，幽门螺杆菌感染可能也是婴儿肠绞痛的诱发因素[13]。

3．乳糖不耐受：

乳糖不耐受是由于小肠乳糖酶缺乏或不足，使乳糖未能在小肠完全分解和吸收，当乳糖进入结肠后，由乳酸杆菌和双歧杆菌发酵，产生乳酸和氢气等，从而使结肠迅速扩张，并引起疼痛；而结肠中的乳糖和乳酸产生的渗透压可造成水分的大量渗入，导致肠道进一步扩张。肠绞痛婴儿的症状类似有肠胀气和胀痛。然而，一项 Meta 分析显示，低乳糖或无乳糖配方奶对减少婴儿哭闹并没有明显的效果[14]，乳糖不耐受与婴儿肠绞痛可能并无直接关系。

4．自主神经系统失调：

目前普遍认可的假说认为，婴儿肠绞痛与中枢神经系统发育不平衡密切相关[15]。神经系统受损如猫叫综合征患儿往往有异常哭闹的表现；此外，早产儿和小于胎龄儿发生过度哭闹的风险明显增加[16] ，都为该假说提供支持。

5．环境因素：

环境因素如心理社会问题、家庭暴力、亲子互动缺乏或父母的焦虑，在婴儿肠绞痛的发生中也起到了重要的作用[17,18]。一项病例对照研究发现，婴儿肠绞痛与各种围生期因素有关，包括母亲的教育程度、吸烟习惯、家庭暴露等[19]。一项大型的前瞻性研究指出，母亲或父亲在孕期存在抑郁症状，会大大增加婴儿生后过度哭闹的发生[15]。患肠绞痛的婴儿通常较为急躁和敏感，有着"难养"的气质[20]。然而，这种气质并不能解释婴儿持续长时间哭闹的原因，只能认为是一个驱动因素。儿童行为发育学者认为，婴儿肠绞痛可能预示着该婴儿存在人格障碍问题。婴儿肠绞痛似乎更容易发生在无喂养经验且焦虑(尤其是母亲)的家庭中。婴儿的行为问题与母亲的焦虑相互作用，导致父母与婴儿之间的正常互动受影响，婴儿与照料者之间的正常互动受干扰可能是加重婴儿肠绞痛的因素[17]。另有研究指出，肠绞痛婴儿母亲较健康婴儿母亲更敏感。亲子间互动质量较差与婴儿过度哭闹明显相关[21]。

6．喂养障碍：

母乳喂养不当是婴儿哭闹的重要混杂因素。母乳喂养困难，如存在乳头定位困难、口腔运动障碍、舌系带过短或感官处理问题等，很可能导致敏感的婴儿形成根深蒂固的哭闹、烦躁，甚至对喂养感到厌恶。母婴之间生理和心理因素与双方规律喂养方式受损密切相关，最终可能导致后期的喂养困难。