抗凝不但减少新的血栓形成，又可以促进体内纤溶系统化解较陈旧的血栓。

虽然绝大部分病情较轻的患者，可以经过单纯抗凝方式得到缓解或治愈；但依靠单纯抗凝、缓慢调整的方式来治疗病史较长、病情较重、颅内压较高和颅内静脉回流的侧枝通路难以形成的病例是远不够的。

而且脑静脉系统血栓病因不明，复发率极高，所以抗凝还需要长期化。

解放军总医院的经验提示对脑静脉系统血栓的抗凝至少需要 2 年以上的时间，才能有效的控制血栓复发趋势。

因此在治疗上，应该强调不同情况的脑静脉回流障碍要有个性化治疗的选择。

抗凝可以应用在基础治疗和较轻病例的处理中；静脉窦血栓适合于静脉窦内的选择性溶（碎）栓；小静脉和深静脉血栓则需要经动脉途径的溶栓；而血栓机化后形成的静脉窦狭窄更适宜球囊扩张和支架成形。

而出血性脑静脉和静脉窦血栓在有条件时可性抗凝加溶栓的方式会有更好的效果。