脂肪瘤的病因目前并没有完全明确，可能与炎症刺激结缔组织变性、脂肪组织代谢异常和障碍、脑垂体前叶性腺激素水平分泌异常、先天性发育不良、肠道营养不良等因素有关。约 1/3 多发性脂肪瘤患者可有家族史。

人体内有一种“脂肪瘤致瘤因子”。正常情况下，这种致瘤因子处于一种失活状态（无活性状态），正常情况下不会发病，但在各种内外环境的诱因影响作用下，这种脂肪瘤致瘤因子处于活跃状态，具有一定的活性，在机体抵抗力下降时，机体内的淋巴细胞、单核吞噬细胞等免疫细胞对致瘤因子的监控能力下降，再加上体内的内环境改变，慢性炎症刺激、全身脂肪代谢异常等诱因条件下，脂肪瘤致瘤因子活性进一步增强与机体的正常细胞中某些基因片段结合，形成基因异常突变，使正常脂肪细胞与周围组织细胞发生一种异常增生现象，导致脂肪组织沉积，并向体表或各个内脏器官突出的肿块，即脂肪瘤。