人体气血在体表的运行是有升降的，《内经》提出“阳受气于四肢”，推动这个阳的气血在体表运行的能力是来自于四肢的末端，也就是说在体表运行的气血属于“阳”（相对在脏腑或体内组织系统运行的气血就为“阴”），所以十二正经的井穴（井为出）都在手指和脚趾位置。但是，由手指生出的能量（气）所推动的气血，是沿着手上行到头在向下到脚，而由脚趾生出的气所推动的气血，正好反向运行。这里，由足上行的气血出自五脏（属于手足三阴），为阴，所以《内经》还得出结论“阴气从足上行至头，而下行循臂至指端”；而由手到头再下行到足的气血出自六腑（属于手足三阳）为阳，所以也称“阳气从手上行至头，而下行至足”。这里，如果人体采取举手过头的姿势，阳气就是从手经头到足、阴气就使从足到手。这里包含了”阳中阴阳“的理论应用。

根据《内经》在介绍十二经脉的走向时，手足三阳经脉（注意，不是“手足三阳经”）都是能（沿着体表较浅）到达头部，而手足三阴经脉的走势就不同了，有的到胸口直接“别”走手，有的另“络”达口舌咽喉部位，还有少阴心和厥阴肝两经脉沿着咽喉上达“目系”（是否指脑干部位），而厥阴肝经脉更上达头顶百会。所以，前段介绍的阳气和阴气，与经脉气血的阴阳应该也不是一个概念。

这里首先补充说明下，如果从升降的阴阳来说，阳气是降为阴，阴气为升是阳。所以《内经》又有”阴阳异位“之说，也就是说，在研究不同对象的时候，由于研究的标准不一样，所以阴阳的概念可以互异。这里如果从物质层面以及和脏腑关系来考量，足出阴气、手出阳气；如果研究升降功能，则足出为升为阳、手出为降为阴。所以，这里我们可以理解起于足的阴气和起于手的阳气，虽然都可以统称为“阳”，但上行的阴气相对下行的阳气，从升降出入的功能来讲，由腑生发出的、下行的阳气还具有推动气血“出”的功能，而由五脏生出的、上行的阴气具 有推动气血“入”的功能（前面介绍过，“入”和肾的功能密切，包括肾上腺）。进而，结合外邪侵入的部位来说。《内经》认为以风为主的外邪（包括风热、风湿、风寒等）和以寒湿为主的外邪，虽然都是由外而内的侵入人体，但其上下部位又是不同的。“清湿袭虚，则病起于下，风雨袭虚，则病起于上”，风邪等往往由人体的颈面等上部侵入、而寒湿外邪往往由脚侵入，日常说寒从脚底生，寒湿关节疾病也常发于腿脚等就是这个道理。结合前段介绍脏腑所生气血，在外阳运行时，上下的不同，风为主的外邪往往先伤害到三阳正经系统和六腑，所以生阳病；而寒湿会直接伤害三阴正经和五脏，故生阴病。

人体的气血有升降也有出入。出为阳，五脏外出的气血由足到头再到手，是升；而六腑外出的气血正好相反，为降。通常，把升定义为阳、降定义为阴。这就是阳中又有阴阳的概念。而气血的“入”的机制，又由肾来控制（具体的机制参看前文），入为阴。肾脏外出的气血是升、是阳，所以相对“入”的“阴”的功能而言，就是阳中之阴了。所以，这里就有三个层次的阴阳的概念，实际《内经》中对阴阳概念的应用更为复杂。

阴阳理论是《内经》的基本理论之一，并应用于对疾病机理和病症的理解。理解《内经》的同时，一方面要把握阴阳的相对性，有阴必有阳，其次要看到阴阳的层次性，针对叙述中的阴阳，有没有存在更高层次的阴阳，这样综合来理解，或能准确把握。