生殖器疱疹是不太容易彻底治愈，易反复发作，对于生殖器疱疹的治疗，目前还有很多问题没有解决，治疗还不能彻底清除病毒，也不能阻止疾病的复发。治疗的目的主要是缓解症状、减轻疼痛、缩短病程及防止继发感染等。

首先，应该在精神上放松，参加正常的工作和学习，生活要有规律，适当进行体育锻炼，不要过分劳累。必要的忌口是防止复发的必要条件。如常吃辛辣发物，抽烟饮酒都对康复不利，特别是饮酒可促使本病复发，加重本病的症状，所以，患病后一定不要饮酒。多吃富含维生素、蛋白质的食物有助于疾病的康复，如新鲜的蔬菜、水果及牛奶、鸡蛋等。

目前没有药物和其他治疗方式可以治愈疱疹，即完全从体内清除这种病毒。但是阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦对于加速初发症状的愈合，最大限度的防止复发频率和程度以及治愈复发有非常显著的效果。复发性生殖器疱疹：最好在前驱症状或损害出现 24 小时内，连服 5 天；频繁发作者，可连续服用 4～12 个月。也可局部注射干扰素 3-5 次，隔天一次。对耐药的单纯疱疹病毒（HSV）感染可以使用膦甲酸钠。

牛痘苗、卡介苗和小儿麻痹糖丸，均可用作生殖器疱疹的免疫治疗，对减少复发有一定作用。使用干扰素、转移因子、胸腺肽等，也可提高机体免疫力。