翻瓣术前先进行牙周基础治疗。牙周基础治疗后评价出真正的龈外形和牙周袋深度，减少术中出血以保证术野清晰。治疗前进行必要的化验检查，如血细胞分析、凝血功能检查及某些传染病的筛查，判断患者是否可以耐受牙周翻瓣术。

术前应清除术区的菌斑，以 0.12%氯己定含漱 1 分钟进行口内消毒，以 75%酒精对口周皮肤进行口外消毒，铺消毒孔巾，保证术区周围为无菌区。接下来局部麻醉，可采用局部浸润麻醉或神经传导阻滞麻醉，使手术无痛顺利进行。一般多用 4%复方阿替卡因局部浸润麻醉即可。还应在术区每个牙龈乳头加注药物使乳头发白，可减少术中出血并加强麻醉效果。

接下来切开和翻瓣，医生会手术操作进行，切开后用钝的分离器沿牙槽骨翻起黏膜-牙槽骨膜瓣，暴露病变区。然后进行清创，通过切开、翻瓣暴露病变区后，应对病变区进行彻底的清创，彻底清除病理性肉芽组织、根面上残存的牙石等，尤其是深牙周袋和根分叉区等通过闭合刮治不易到达的部位，并应进行根面平整，刮除受内毒素侵蚀的牙骨质表层，形成清洁的具有生物相容性的牙根表面，以利于组织愈合。最后缝合手术结束。