牙颌畸形的病因可分为两大方面，即环境因素和遗传因素。

环境因素，乳牙期或替牙期中，常有局部障碍发生，因而导致错颌畸形的产生。乳牙过早缺失主要原因为龋蚀，个别乳牙早失如邻牙移位，间隙变小，导致恒牙的阻生或错位萌出造成错颌，多数乳磨牙早失，可引起对颌牙长长，造成功能障碍。如上颌多数乳磨牙早失导致前牙发生反颌，如下颌多数磨牙早失，前牙容易发生深覆盖及深覆合。

乳牙滞留，个别乳牙过时不掉，称乳牙滞留。其主要亮因为牙根吸收不完全或完全不吸收，有时是牙根与牙槽骨之间发生了固着性连合。乳牙滞留便继替的恒牙不能萌出或从阻力较小的方向错位萌出，而造成错颌。

乳尖牙磨耗不足，有时乳尖牙不如其它牙齿磨损的多，因而高出于牙弓咬合，在咬合时，上下乳尖牙过早接触，下颌为了避免过早接触，而使向前或侧方移动，日久可造成前牙反合。

多生牙和先天缺失牙，多生牙也影响牙齿的正常排列而造成错合。先天缺失牙常见者为第三磨牙、上侧切牙、下切牙、双尖牙，其它牙齿也可有先天缺失，但比较少见。第三磨牙先天缺失对牙齿排列及咬给没有不良形响。其它牙先天缺失，容易深覆盖及深覆合。