功能性消化不良内镜检查及生化检查并没有器质性病变的发现，但患者有来自胃、十二指肠等部位的症状，主要症状包括餐后饱胀感、早饱感、上腹痛和上腹灼烧感。慢性非萎缩性胃炎属于慢性胃炎，其固有腺体尚未萎缩，而胃黏膜层以淋巴细胞和浆细胞浸润为主的慢性炎症，分为胃体炎、胃窦炎、全胃炎（以胃窦为主）或全胃炎（以胃体为主）。 简而言之，功能性消化不良仅有症状，但胃镜下无明显病理特征，而慢性萎缩性胃炎做胃镜病检时能发现固有腺体的萎缩，以及炎症表现。

首先，两者病因不同 。

功能性消化不良常见的病因有幽门螺旋杆菌的（Hp）感染、精神和应激（包括焦虑和抑郁）、急性胃肠道感染、基因多态性（与G耦联蛋白有关）等。而慢性萎缩性胃炎则有Hp感染、自身免疫因素和遗传因素、十二指肠液反流、胃黏膜损伤等。除Hp外，其余的病因各有不同。

其次，临床症状存在差异 。

功能性消化不良患者没有器质性病变，多是患者的自我感受，如餐后的饱胀感，早饱，上腹部的灼烧感都是检验手段无法检测出的症状，但是在患者的感受中大多可以知晓，成为功能性消化不良的诊断依据。

根据罗马Ⅳ标准，功能性消化不良的诊断水平包括罗马Ⅳ诊断标准： 1.上腹烧灼感；2.上腹痛；3.餐后饱胀不适；4.早饱感，且无可解释症状的器质性疾病证据。诊断前症状出现至少６个月，近３个月符合以上标准。其他临床症状多见嗳气，胸痛有灼烧感但无向胸骨后传导的趋势，摄入常量食物即感到饱胀。因此现行的标准中将其分为上腹痛综合征和餐后不适综合征，且两者交替出现。

慢性萎缩性胃炎的临床症状更加典型。无节律性的上腹痛，进食可减轻或加重，食欲下降，嗳气、反酸、恶心等症状，伴随这些症状胃镜下可见粘膜的损害，固有腺体的增生。胃黏膜显著糜烂的还有可能消化道出血，长期出血则有贫血的表现，表现为皮肤爪甲色淡，血色素低下等。该病体征不多，可有上腹部轻压痛。

第三，治疗相似 。

功能性消化不良一般从饮食结构的调整、生活方式的改变、情绪的调节等方面入手，避免烟酒、长期熬夜等不良嗜好。口服药物一般以抑酸药和胃动力药为主，配合心理治疗。有Hp，给予Hp根除治疗。中药对于功能性消化不良效果较好，通常疗程在4-6周。

慢性萎缩性胃炎治疗相仿，但效果缺乏针对性。通常也是保护胃黏膜的药物和抑酸剂较常用，肝胃郁热型、脾胃虚弱型萎缩性胃炎通常治疗周期在12周左右，病检可有慢性萎缩性胃炎慢慢转变为慢性浅表性胃炎。