(一）组织包埋

组织平放于包埋模具中，根据组织的类型决定包埋方向。

（二）组织切片

免疫组织化学应使用防脱玻片，切片厚度为 3~5 μm，切片过薄会导致抗原减少从而抗体阳性表达减弱，切片太厚极易在抗原修复中脱片且影响观察。确保石蜡切片与载玻片间无气泡，如有气泡可能会导致局灶性非特异性染色。推荐烤片温度高于石蜡熔点 2~3 ℃，60~120 min，忌高温长时间烤片。

免疫组织化学检测应尽量使用新鲜切片（1 周以内的切片视为新鲜切片）。切片最好在 2 周内进行免疫组织化学检测，如 2 周后检测，有实验室推荐将切片密封后放入冰箱冷藏，并于 1 个月内完成相关检测。石蜡切片长久放置后免疫稳定性的丢失会导致染色强度降低、阳性细胞的数量减少。有文献报道超过 20 年的蜡块进行免疫组织化学检测时亦观察到此现象，并且这些影响在存档 5 年后的蜡块 RNA 水平检测中也会观察到。