胃内隔膜的发病原因主要是由于环境因素导致胚胎在发育过程中出现异常，从而引起消化道畸形。
环境因素：孕妇在妊娠期间或备孕期间接触有害的外界环境物质，如放射线检查、治疗、致畸药物、农药、重金属等，可导致胚胎发育异常，从而引起消化系统发育不完善，出现畸形的胃内隔膜。