胃内隔膜患者的典型表现为呕吐、腹胀、喂养困难，部分患者可出现腹痛、生长发育迟缓消瘦的症状：
1.呕吐：为本病最常见、最典型的症状，主要表现为在进食后出现喷射状呕吐（呕吐时如喷泉样喷射而出），多呈阵发性，患儿出生不久后即可出现，呕吐物常为乳汁、乳凝块或其他刚进食的食物，一般不存在胆汁及血。
2.腹胀：为常见症状之一，表现为患者进食后上腹部隆起，平躺时极为明显，较年长的患者可能会有腹痛、腹部饱满的感觉，继续进食可加剧，呕吐后症状缓解。
3.喂养困难：主要是小儿患者，表现为拒奶、不愿意进食，伴哭闹不安、神情淡漠。
其他症状
1.腹痛：少数年长患者可能会出现腹痛症状，表现为上腹部隐痛，活动时加剧，休息可缓解。
2.生长发育迟缓：部分患者还可能会出现生长发育迟缓，表现为小儿身高停止生长，头围、身高、体重、腹围等数值常低于其他正常同龄儿指标，不能正常学会说话、走路等。
3.消瘦：常表现为体型瘦弱、体重不增甚至减轻。