生殖道沙眼衣原体感染比较典型的表现是出现男性尿道黏液性或黏液脓性分泌物，女性阴道异常分泌物、宫颈管黏液脓性分泌物等。
不同类型的生殖道沙眼衣原体感染可有不同的症状表现：
1.男性生殖道沙眼衣原体感染：患者可表现为尿道黏液性或黏液脓性分泌物，并有尿痛、尿道不适等症状，可有附睾疼痛、肿大、触痛等；炎症严重时，阴囊表面皮肤充血发红，可有水肿，甚至阴囊肿胀，伴随腰痛、下腹坠胀等。
2.女性生殖道沙眼衣原体感染：患者往往起病较慢，可持续数月至数年，若出现症状，则可有阴道分泌物异常，非经期或性交后出血，伴随尿道炎症状，如排尿困难、尿频、尿急等，如果未经正规治疗，感染可向上蔓延至盆腔，出现下腹痛、性交痛等。同时，孕妇的生殖道沙眼衣原体感染可增加早产、低出生体重和胎膜早破的危险性。如未经有效治疗，可传染新生儿，引起新生儿眼炎及肺炎。
3.其他症状
生殖道沙眼衣原体感染还可有宫颈炎、盆腔炎、附睾炎、前列腺炎等其他症状。