1.病史：生殖道沙眼衣原体感染主要经性接触感染，在采集病史时患者的性接触史尤为重要，可作为重要的诊断依据。但需要注意的是，患者提供的性接触史因涉及个人隐私，常有患者隐瞒或谎报，因此可靠性较差，有时会影响判断。此外，不能完全排除非性接触传播的可能，如家庭成员间的间接接触感染，母婴之间的垂直感染等。
2.临床表现：生殖道沙眼衣原体感染者中可达80%以上呈无症状感染，而其感染的临床症状在男性与女性中有不同的临床特征，主要有男性的尿道炎、女性的宫颈炎等。
3.实验室检查：目前主要以核酸扩增试验（NAAT）为首选诊断方法,可以采集中段尿或阴道拭子进行筛查；对于女性患者，诊断生殖道沙眼衣原体感染的首选标本是阴道分泌物，该项检查敏感性最高；有宫颈炎表现的，建议采用宫颈拭子进行检测；男性则可采用初段尿。此外，还可使用衣原体快速检测法，当实验室查出沙眼衣原体阳性，则可确诊。