过敏性鼻炎、过敏性哮喘的预防诊治和慢病管理方面取得较好成绩。内科设有13个专业：心内科、呼吸内科、戒烟门诊、消化肿瘤科、神经内科、记忆障碍、肾内科、透析门诊、内分泌科、风湿免疫科、老年医学科、民航职工门诊、营养科；外科14个专业：普外科、创面外科、肝胆外科、肛肠外科、骨科、运动医学科、泌尿外科、男科门诊、神经外科、心胸外科、腺体外科、整形美容科、血管外科、疝外科；妇产科12个专业：妇科、产科、计划生育流产关爱门诊、阴道镜门诊、生育咨询和优生优育门诊、产前筛查和咨询门诊、产褥期保健门诊、妇科内分泌与不孕症门诊、围产期保健门诊、妊娠营养门诊、盆底康复门诊、更年期保健门诊；儿科7个专业：新生儿、小儿消化、小儿呼吸、小儿心脏病、小儿内分泌、小儿传染病、儿童保健；眼科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔科、皮肤科、中医科、中医针灸科、感染疾病科、急诊内科、急诊外科、麻醉科、康复医学科、重症医学科、医学影像科、超声诊断科、检验科、输血科、病理科、核医学科、药剂科、营养科、护理部等科室。根据医院描述，民航总医院是一所具有航空医学特色的三级综合医院，拥有先进设备和优良服务，承担着北京市东部地区居民和民航在京干部职工的医疗保健工作。医院下设多个临床医学部和专业科室，包括临床医学部、航空人员体检鉴定所、航空医学研究所和培训部（民用航空医学系），在职职工1600余人，设有21个病区、39个临床医技科室，床位1045张，年门急诊量超过150万人次，年出院病人3万人次，年手术量达1.3万台。 民航总医院在心血管疾病介入治疗、快速心律失常射频消融术、生理性起搏、血液透析及血液净化、高危妊娠诊治、瘢痕妊娠腹腔镜联合治疗、腹腔镜微创手术、椎间盘突出治疗和关节置换、输尿管软镜技术、泌尿系结石及前列腺疾病治疗、内镜下消化道微创手术等方面具有先进水平。儿科在过敏性鼻炎、过敏性哮喘的预防诊治和慢病管理方面取得较好成绩。 医院的专业科室包括： - 内科：心内科、呼吸内科、戒烟门诊、消化肿瘤科、神经内科、记忆障碍、肾内科、透析门诊、内分泌科、风湿免疫科、老年医学科、民航职工门诊、营养科 - 外科：普外科、创面外科、肝胆外科、肛肠外科、骨科、运动医学科、泌尿外科、男科门诊、神经外科、心胸外科、腺体外科、整形美容科、血管外科、疝外科 - 妇产科：妇科、产科、计划生育流产关爱门诊、阴道镜门诊、生育咨询和优生优育门诊、产前筛查和咨询门诊、产褥期保健门诊、妇科内分泌与不孕症门诊、围产期保健门诊、妊娠营养门诊、盆底康复门诊、更年期保健门诊 - 儿科：新生儿、小儿消化、小儿呼吸、小儿心脏病、小儿内分泌、小儿传染病、儿童保健 - 眼科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔科、皮肤科、中医科、中医针灸科、感染疾病科、急诊内科、急诊外科、麻醉科、康复医学科、重症医学科、医学影像科、超声诊断科、检验科、输血科、病理科、核医学科、药剂科、营养科、护理部 此外，民航总医院还承担着全国民航系统航空人员体检鉴定、航空医学研究及全国民用航空医学培训工作，以及多项国家级、省部级科研课题研究工作。。