根据你的描述，咽部手术一般不会影响到肢体活动。考虑到你肩膀疼痛和梭子骨的不对称，可能是肩袖肌腱病引起的。建议你去骨科进行详细检查。至于起搏器的针眼疼痛，可能是正常的恢复反应，但也需要医生确认。

治疗肩袖肌腱病通常包括物理治疗、药物治疗和手术治疗，具体方案需要医生根据你的情况制定。在日常生活中，避免过度使用肩膀，适当休息和进行肩部的温和运动也可以有所帮助。