首先，直肠间质瘤是一种罕见的消化道肿瘤，伊马替尼是常用的治疗药物。对于耐药问题，建议进行基因检测以了解肿瘤的特点和可能的治疗方案。基因检测可以通过抽血和组织标本来进行，目前的标本更能反映肿瘤的最新状态。

取标本的方式可以是B超引导下的肝穿刺，这种方法相对安全，损伤不大。至于药物升级问题，不推荐直接越过二代三代，需要根据基因检测结果和病情来选择合适的治疗方案。

选最方便的部位就可以了，直肠周围的标本也可以通过内镜下取样来获取。