益生菌的奶味和原味主要区别在于口感和配方。针对调理肠胃功能，奶味的益生菌更适合。而原味的益生菌则主要有助于提高身体免疫力。考虑到您的宝宝之前有过不完全性肠梗阻的经历，建议选择奶味的益生菌来帮助调理肠胃。

在宝宝恢复期间，适量服用益生菌是有益的。但具体是否需要长期服用，还需要根据宝宝的身体状况和医生的建议来确定。建议注意益生菌的品牌和质量，按照推荐剂量服用。