你好，肺孢子菌肺炎是一种由真菌感染引起的肺炎，治疗起来确实有一定难度。虽然你的症状已经消失，但真菌指标高说明感染还未完全清除，需要继续治疗。

接下来你需要继续完成抗真菌治疗，确保感染完全清除。同时，注意保持良好的生活习惯，增强免疫力。建议继续服用抗真菌药物，具体药物选择和治疗时间需根据医生建议。