这种凹陷可能是由于颅骨发育不良或术中压迫导致的。核磁检查显示脑实质没有问题，说明没有脑组织损伤。建议观察孩子的生长发育情况，目前无需特殊处理。

凹陷是否能自行恢复取决于具体情况。如凹陷较轻微且无其他并发症，有可能随着孩子的生长发育逐渐改善。建议定期带孩子来医院检查，确保孩子的正常发育。