染色体多态性通常指的是染色体的某些特征在不同个体间存在正常变异，并不一定代表疾病。然而，在你的情况下，宝宝的尿道下裂和隐睾可能与基因有关。建议进行更全面的基因检测，例如羊水穿刺查全外显子。

虽然无创plus的结果显示正常，但这种检测方法的准确性有限。建议再次进行羊水穿刺查全外显子，以排除任何可能的基因突变。同时，定期带宝宝去医院做相关检查，监测他的生长和发育情况。

在某些情况下，染色体多态性可能会影响宝宝的智力和身体机能。然而，具体的影响取决于多态性的类型和位置。需要通过更全面的基因检测来确定。