畸胎瘤一般不会影响胚胎。稽留流产常常是因为胎儿染色体异常导致的。建议送检流产物，查看染色体情况。同时，需要检查夫妻双方的染色体以及女方是否有免疫系统疾病，如易栓症。您提到先生有甲亢，但男性甲亢对胚胎影响不大。

胚胎染色体会有部分变异的情况，所以不能排除母体存在隐性的问题。因此，需要全面检查，包括夫妻双方染色体的检查。两次稽留流产需要重视，建议尽早进行检查以明确病因。