根据你的症状描述，口腔粘膜上的溃疡可能与病毒感染有关。牙根处的疼痛可能是溃疡引起的。你提到前两天新冠阳性并发热，这可能是引起口腔溃疡的一个原因。目前看来不太像扁桃体化脓。

头孢可以继续吃，针对溃疡，你可以考虑使用黄连上清片。用法是按照说明书上的剂量服用即可。另外，要注意口腔卫生，避免刺激性食物。如果症状加重或持续不缓解，建议及时就医。