根据您的描述和CT结果，确实存在肺部感染，且可能是军团菌感染。考虑到您三系较低，可能存在免疫力下降的问题。目前的治疗方案是莫西沙星和美罗培南，已经使用了一到两个星期。

军团菌感染的治疗时间因人而异，取决于个体的身体状况和感染的严重程度。如果复查仍然存在感染，可能需要继续治疗。每天早上发烧可能是感染仍未完全控制的迹象。

目前的治疗方案是合理的，继续使用莫西沙星和美罗培南，并定期复查。如果病情没有明显改善，可能需要考虑其他治疗选项。同时，保持良好的生活习惯和饮食习惯，增强身体免疫力也是非常重要的。