根据您提供的信息，结合孩子的症状，考虑可能是手足口病。这种疾病主要由柯萨奇病毒引起，常见于儿童。建议使用中成药抗病毒治疗，如蒲地蓝等。同时，注意隔离，避免传染给其他家庭成员。

是的，需要分开。手足口病具有传染性，尤其是对于婴幼儿来说更容易感染。请确保他们的生活环境和日常用品分开使用，以防止交叉感染。