根据您提供的信息，宝宝的检查结果显示肺炎链球菌和流感嗜血杆菌阳性，这说明宝宝有这两种感染情况。然而，仅凭这些结果不能明确宝宝是否已经出现肺炎情况。为了更准确地判断，需要配合影像学检测。目前宝宝的症状主要是咳嗽，昨晚发烧了，今天早上又不烧了。考虑到宝宝的年龄和症状，建议使用头孢克肟颗粒进行治疗。请注意，宝宝前两周已经使用过阿奇霉素，头孢克肟颗粒与阿奇霉素属于不同类别的抗生素，可以安全使用。同时，建议宝宝多休息，保持室内空气流通，避免接触其他患有呼吸道感染的人群。