肺炎链球菌阳性不一定是肺炎，这种菌有时也会寄生在上呼吸道或气管上。肺炎一般通过胸部CT来确认。建议先观察咳嗽症状和服药情况，如果治疗不正规，可以先正规治疗看小效果。如果两周效果不好，CT还是要做一下的。

可以尝试左氧氟沙星加小柴胡颗粒治疗。左氧氟沙星是抗生素，用于治疗敏感菌引起的各种感染。小柴胡颗粒可以处理鼻病毒的问题。

目前的西医没有替代方案。你可以找中医辩证治疗。抗生素相对来说都是比较安全的。