您好，根据您的描述，您目前的主要症状是反复发烧，已经持续了16天。首先，我们需要排除感染性病因，包括病毒感染和细菌感染。您之前已经做了宏基因测序，结果没有问题，但为了进一步明确病因，我建议您进行一些感染性病原体的抗原和抗体检测。

是的，您体内确实检测到了丙肝病毒，这可能是您发烧的原因之一。丙肝病毒感染可能导致肝硬化，因此我建议您在治疗发烧的同时，开始服用抗丙肝病毒的药物。

目前您的情况建议您继续在湘雅附二医院进行治疗，同时，我建议您前往北京协和医院感染科进行进一步检查和治疗，因为那里的感染科在诊断和治疗复杂感染方面有很高的专业水平。

您需要做的是进一步检查感染性病原体的抗原和抗体，以及进行一些其他相关检查，如PCT降钙素等。同时，我建议您进行一次CT扫描，以排除其他可能的病因。