很抱歉听到宝宝的情况。三个月大的宝宝可能会因为多种原因出现哭闹和睡眠问题，例如肠绞痛、过敏或是生长发育引起的不适。请问宝宝是否有其他伴随症状？

根据你描述的症状，宝宝可能患有肠绞痛。我建议你停止使用止泻药和益生菌，改用一些针对肠绞痛的药物。同时，注意宝宝的喂养姿势和频率，避免过度喂养或喂养不当。

首先，保持宝宝的腹部温暖，可以用温水袋或是轻轻按摩宝宝的肚子。其次，尝试给宝宝换一种配方奶粉，可能会有所改善。最后，如果情况没有好转，建议带宝宝去医院做进一步检查。