细菌肠炎确实需要用到抗生素和益生菌来治疗。对于宝宝的症状，可能是因为细菌没有完全清除或者肠道菌群失衡引起的。建议再次就诊，检查宝宝的肠道情况。同时，注意宝宝的饮食和卫生习惯，避免再次感染。

蛋白酶和头孢、亿活并没有直接的冲突。但是，宝宝的肠道还在恢复期，过多的药物可能会加重肠道负担。所以，还是要遵循医生的建议，避免自行用药。

在宝宝的肠道恢复期间，要注意饮食清淡，多喂水，避免给宝宝吃油腻、刺激性食物。同时，保持宝宝的肛周清洁，避免细菌再次感染。