益生菌可以作为辅助手段，帮助改善肠道菌群平衡和调理肠胃，但不能单独用来治疗结节性胃炎和幽门螺杆菌阳性。

在服用药物的同时，间隔两个小时后再服用益生菌可以更好地发挥其预防和调理作用。同时，注意饮食，避免辛辣、油腻等刺激性食物，多吃易消化的食物。

间隔两个小时服用益生菌不会影响药效，反而有助于肠道健康。另外，定期复查和按时服药也是非常重要的。