甲氨喋呤的主要副作用包括胃肠道反应、肝功能损害、骨髓抑制等。长期使用可能引起肺纤维化、脱发、皮肤问题等。同时，长期服用也可能增加继发性肿瘤的风险。

甲氨喋呤对生殖功能的影响相对较小，但长期大剂量使用可能导致闭经和精子减少或缺乏。这种影响有时可能是不可逆的。

如果您有全身极度衰竭、恶液质或并发感染及心、肺、肝、肾功能不全，禁用甲氨喋呤。周围血象如白细胞低于3500/mm或血小板低于50000/mm时也不宜使用。