首先，月经不调和卵巢囊肿是两个不同的问题。月经不调可能是由于内分泌失调、生活习惯等原因引起的，而卵巢囊肿则是指在卵巢上形成的液体或半固体的包块。对于这两种情况，医生可能会开具不同的药物进行治疗。

在月经期间，女性的身体处于一种特殊的生理状态，使用药物需要格外小心。一般来说，除非医生特别指示，否则在月经期间最好暂停用药，等到月经干净后再继续使用。这样可以避免不必要的风险。

在用药期间，首先要确保你没有对药物过敏，并且没有用药禁忌症。其次，需要遵循医生的指示，按时按量服用药物。同时，注意休息，避免辛辣和油腻食物，禁止饮酒。如果出现任何不适，应立即停止用药并就医。