咪喹莫特乳膏主要用于治疗人乳头瘤病毒感染引起的疣体，包括外阴部位的疣体。但是如果靠近阴道内就不可以使用。对于假性湿疣，如果没有传染性，可能治疗效果弱一些。

外阴部位可以使用咪喹莫特乳膏，但如果靠近阴道内就不推荐使用。目前尚未对咪喹莫特乳膏治疗尿道内、阴道内、宫颈部、直肠或肛管内的人乳头瘤病毒感染进行评价。

咪喹莫特乳膏可以激发人体自身免疫反应实现对病毒感染的自我清除，最终实现疣体“自发性消退”。使用时需要注意局部皮肤炎症反应的可能性，如红斑、水肿、糜烂等。偶有短暂低热。