对于口腔部位的黑色肉芽肿，建议您先通过在线医疗平台或实体医院进行专业的诊断和治疗。不要自行尝试去除，以免引起感染或其他并发症。

使用棉签去除口腔部位的黑色肉芽肿可能会引起皮肤刺激和感染。至于是否会留下印子，这取决于个人的皮肤恢复能力。为了避免不必要的风险，还是建议您寻求专业医生的帮助。