小建中胶囊主要用于温中补虚、缓急止痛，适合脾胃虚寒引起的脘腹疼痛、嘈杂吞酸、食少心悸等症状，以及慢性结肠炎、胃及十二指肠溃疡等疾病。

可以与枸橼酸莫沙必利片和双歧杆菌四联活菌片一起使用，前者促进胃肠蠕动，后者补充肠道有益菌、缓解腹泻，三者联用可以治疗腹胀。同时，建议饮食宜清淡，忌酒及辛辣、生冷、油腻食物，不熬夜。