您好，根据您的描述，孩子可能存在营养不良的问题。这种情况在儿童中较为常见，主要是由于饮食不均衡或吸收不良引起的。

是的，维生素D对于儿童的骨骼发育非常重要。对于三岁的孩子，一天一粒维生素D补充剂是合适的。同时，建议您注意孩子的饮食结构，保证他摄入足够的蛋白质、钙、铁等营养素。

不用客气，希望我的建议能对您有所帮助。