您好，很高兴为您服务！请注意，如果用药人是儿童、孕妇、哺乳期等特殊人群，或有其他慢病史、过敏史、肝肾功能异常等特殊情况，请主动告知，避免用药风险。对于两岁九个月的宝宝，藿香正气口服液需要在医生指导和成人监护下使用。

根据您提供的信息，宝宝可能患有胃肠型感冒。藿香正气口服液可以解表化湿，理气和中，适用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，症见头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻；胃肠型感冒见上述证候者。一般情况下，宝宝可以每次服用1/4瓶，一天两次。请务必在用药前详细阅读说明书，排除过敏及用药禁忌后遵医嘱。如有任何不适，及时线下就诊。

如果拉肚子不严重，宝宝可以单独使用藿香正气口服液。如果拉肚子严重，可能需要另外搭配止泻药。请注意，多喝水，保持清淡饮食，忌食油腻食物。