奥美拉唑肠溶胶囊常见的副作用包括头疼、腹痛、恶心、呕吐、腹泻、胃肠胀气和便秘。多数情况下会随着继续用药而耐受或减轻，通常无需停药。

偶见头晕、失眠、嗜睡、皮疹和肌肉疼痛等。每个人的体质不同， 在正确的用法用量情况下，基本也是很少有不良反应。

奥美拉唑可能会引起肝酶升高，但通常情况下影响不大。建议在用药期间定期监测肝功能。