您好，根据您提供的信息，肾结石3.9cm已经比较大了。首先需要通过B超或CT等检查来确定结石的具体位置和性质。然后，根据结石的类型和大小，医生会选择合适的治疗方法，可能包括药物治疗、体外震波碎石术、经皮肾穿刺取石术等。

治疗肾结石的药物主要是为了帮助排出小的结石或预防新结石的形成。常用的药物有利尿剂、磷酸盐结合剂等。但是，对于3.9cm的结石，单纯的药物治疗可能效果不佳，可能需要结合其他治疗方法。平时需要多喝水，避免高盐、高蛋白的饮食，适当运动，定期复查。

不客气，希望我的回答对您有所帮助。如果您有任何其他问题，欢迎随时向我们咨询。